Eén van de belangrijkste knelpunten op de Veluwe is verzuring en vermesting door stikstofneerslag. Die wordt tegengegaan in de aanpak van het Rijk en in de Gelderse Maatregelen Stikstof.
De beschermde oude loofbossen zijn daarnaast versnipperd door grootschalige kap en aanplant van uitheemse boomsoorten in het verleden. Er zijn dan ook nog maar weinig aaneengesloten inheems loofbossen van voldoende omvang op de Veluwe. Voldoende omvang van deze bossen is belangrijk om ruimte te bieden aan alle ecologische processen die horen bij deze bossen en om voldoende ruimte te bieden voor alle dier- en plantensoorten die voorkomen in deze oude loofbossen.
In veel van de beschermde oude loofbossen komt te weinig dood hout voor. De hoeveelheid dood hout is een graadmeter voor hoe processen in het bos (zoals veroudering, natuurlijke aftakeling en afsterven van bomen) verlopen. Door bos te dunnen, bomen te kappen en omgewaaide bomen op te ruimen blijft er te weinig ruimte over voor natuurlijke aftakeling.
Edelherten, damherten, wilde zwijnen en reeën horen op de Veluwe. De huidige omvang van de populaties van deze wilde grazers is echter dusdanig hoog dat het grazen en het wroeten van zwijnen de bosverjonging van inheemse loofbomen beperkt, en daarmee de instandhouding en uitbreiding van de beschermde bossen - en het voorkomen van bijzondere soorten - die aan deze bossen zijn verbonden.
Invasieve uitheemse boom- en struiksoorten kunnen het behalen van de Natura 2000-doelen moeilijk maken en bestrijding ervan is noodzakelijk. Belangrijkste probleemsoorten zijn de Amerikaanse vogelkers, Amerikaanse eik en Japanse lariks.